Touto technikou lze pozorovat přítomnost studovaných proteinů v buněčných organelách nebo přítomnost specifické sekvence nukleové kyseliny v buňkách. Při obarvení dvou různých proteinů fluorochromy různé barvy lze studovat jejich vzájemnou interakci (například studovaného proteinu s transportním proteinem buněčných systémů). V mikrobiologii slouží k mikroskopické identifikaci mikroorganismů; například lze přímo mikroskopicky pozorovat patogenní bakterie ve směsi s ostatními bakteriemi (při požití specifické sondy budou hledané bakterie barevně svítit). Použití komerčně dostupných, fluorescenčně značených protilátek otevřelo rozsáhlé možnosti využití imunofluorescenčních technik.
Fluorescenční mikroskop IX-81 a „live imaging“ systém Olympus
Pohyb virových proteinů v buňce
Animace dokumentuje využití systému „live imaging“ při studiu interakce dvou značených proteinů (obalový protein viru M-PMV značený červeně a strukturní protein kapsidy značený zeleně) při pohybu virových částic v infikované buňce. Při interakci je zbarvení oranžové (viz spodní výběžek buňky).
Druhé video dokumentuje prohlížení různých vrstev buňky při zjišťování lokalizace virového proteinu v buňce (červená barva). Modře jsou zbarvena buněčná jádra (obarvená fluorescenčním barvivem DAPI).
Inverzní fluorescenční mikroskop Olympus IX-51
Růst buněk na polyethylenu modifikovaném zlatými nanočásticemi
Polymerní nosič pokrytý lidskými buňkami má sloužit jako kožní náhrada při transplantacích tkáně poškozené popálením. (Sledováno inverzním fluorescenčním mikroskopem)
Vlevo myší buňky (embryonální fibroblasty; NIH 3T3), vpravo lidské buňky (keratinocyty; HaCaT).
Membrány - barveny konjugátem faloidinu s TRITC (červená), jádra - barvena DAPI
Fluorescenční mikroskop dodala firma Olympus