Jan Masák spojil svůj profesní život s biotechnologiemi. Již na Střední průmyslové škole potravinářské technologie v Podskalské v Praze se věnoval zejména pivovarské technologii. Vysokoškolské studium absolvoval na VŠCHT Praha v oboru kvasná chemie. Jeho doktorské studium, které bylo opět zaměřeno na sladařskou a pivovarskou technologii, zakončil v roce 1989 a získal titul kandidáta věd. Následně byl přijat na Ústavu kvasné chemie a bioinženýrství VŠCHT Praha na pozici odborného asistenta kde pokračoval v oboru pivovarství a sladařství. Postupně se soubor biotechnologických procesů, kterým se věnoval jak v pedagogické, tak výzkumné činnosti rozšiřoval. Patří sem biotechnologie pro ochranu a dekontaminaci životního prostředí a v současnosti se zejména soustřeďuje na biotechnologii léčiv, kde je garantem magisterského a doktorského studijního programu se stejným názvem. Ve výzkumné činnosti se v tomto směru věnuje bioprocesům umožňujícím eliminaci mikrobních infekcí. V roce 2003 se habilitoval a v roce 2009 byl jmenován na VŠCHT Praha profesorem v oboru Biotechnologie.
V období od roku 2012 do poloviny roku 2023 vykonával funkci vedoucího Ústavu biotechnologie. Ve vedení Fakulty potravinářské a biochemické technologie působil v letech 2010–2012 ve funkci proděkana pro zahraniční styky a styk s praxí. Na konci roku 2012 přijal funkci proděkana pro pedagogiku, ve které působil do konce roku 2019. V období 2020–2023 byl děkanem Fakulty potravinářské biochemické technologie.
Mimo VŠCHT Praha působil v letech 2012-2013 jako člen Rady vysokých škol a byl předsedou její komise pro vzdělávací činnost. Od roku 2015 je členem Národní Inovační Platformy VI. – Zemědělství a Životní prostředí. Rovněž je členem několika vědeckých rad vysokých škol a výzkumných ústavů (VR FAPPZ ČZU Praha, VR VETUNI Brno, VR Výzkumného ústavu pivovarského a sladařského). V letech 2016–2018 byl za VŠCHT Praha řešitelem Centrálních rozvojových projektů zaměřených na tvorbu postupů pro vnitřní hodnocení kvality vysokých škol. Podílel se také na přípravě řady dokumentů pro hodnocení vnitřní kvality VŠCHT Praha.
Ve výzkumné činnosti se dlouhodobě věnuje aplikované biologii a vývoji biotechnologických procesů. Je spoluautorem cca 100 vědeckých publikací, několika patentů a monografií. Velmi cenný je rovněž jeho významný podíl na průmyslových biotechnologiích pro in situ dekontaminaci půdy a spodní vody (realizováno na rozloze 35 ha), respektive bioreaktorové dekontaminaci odpadní vody z chemického průmyslu (celkový objem 500 m3).
Ve volném čase se věnuje zejména vysokohorské turistice a fotografování.