Vysokoškolské studium na VŠCHT Praha ukončil v roce 1984. V roce 1989 získal v oboru Chemie a technologie ochrany prostředí vědeckou hodnost CSc. V tomto oboru se pak v roce 1998 habilitoval a v roce 2011 byl jmenován profesorem. Pracuje na Ústavu technologie vody a prostředí od roku 1992. Od roku 2003 působí na tomto ústavu jako jeho vedoucí. V letech 2006 2013 zastával na Fakultě technologie ochrany prostředí VŠCHT Praha funkci proděkana pro styk s průmyslem a zahraniční styky. Je mimo jiné členem Vědecké rady VŠCHT Praha, Vědecké rady Fakulty technologie ochrany prostředí, Rady pro vnitřní hodnocení VŠCHT Praha.
Prof. Pavel Jeníček se ve své vědecko-výzkumné činnosti zabývá zejména technologiemi využívajícími kombinace aerobních a anaerobních procesů při čištění odpadních vod, recyklací energie a surovin z odpadních vod, intenzifikací produkce bioplynu z kapalných a pevných odpadů.