Mohou stejné sekundární struktury proteinů mít odlišné uspořádání ve viru?
Mezinárodnímu týmu vědců z prestižních pracovišť (University of Cambridge, EMBL Heidelberg, National Cancer Institute, Frederick, ÚOCHB a VŠCHT) se podařilo vyřešit Kryo TEM strukturu dalšího retroviru; viru myší leukémie (MLV). Tato práce, publikovaná v PNAS, porovnává uspořádání nezralé a zralé virové částice tvořené převážně interakcemi strukturních domén kapsidového proteinu (CA). Přes strukturní podobnost proteinových podjednotek s dříve publikovanými viry HIV a Mason-Pfizerova opičího viru (M-PMV), je uspořádání N-terminální domény CA MLV odlišné.
V rámci této detailní struktury MLV bylo poprvé vyřešeno detailní uspořádání retrovirového motivu spojujícího CA (hlavní strukturní motiv virové schránky) s částí zodpovědnou za specifickou inkorporaci virové genomové RNA (nukleokapsidový protein). Tento motiv je u MLV delší než u HIV a M-PMV, a proto je MLV, na rozdíl o výše jmenovaných virů, vhodným modelem pro toto studium. Není bez zajímavosti, že v HIV-1 se právě do této oblasti váží inhibitory zrání viru; např. deriváty kyseliny betulinové.
Zajímavé zjištění přinesla také struktura zralé částice, konkrétně jejího core (vnitřní část viru obsahující virový genom). Na rozdíl od HIV, kde je core uzavřené a vzniká pouze z části molekul CA přítomných ve zrající částici, není v MLV uzavřené a obsahuje zřejmě všechny dostupné molekuly CA. Díky tomu se struktura core u těchto virů liší. U HIV je kónická, zatímco u MLV je spirálovitě uspořádána, jakoby zavinuta do „ulity“ (viz video v odkazu).
Kun Qu, Bärbel Glass, Michal Doležal, Florian K. M. Schur, Brice Murciano, Alan Rein, Michaela Rumlová, Tomáš Ruml, Hans-Georg Kräusslich, and John A. G. Briggs: Structure and architecture of immature and mature murine leukemia virus capsids. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. Nov 2018, 201811580; DOI: 10.1073/pnas.1811580115